Эпоха смены общественно-экономической формации и распада Советского Союза вызвала очередные изменения в командном составе училища. После ухода в запас вице-адмирала Е.А. Томко ему на смену в феврале 1992 года прибыл контр-адмирал Богдан Михайлович Малярчук – первый начальник-выпускник училища 1968 года, занимавший до этого должность командира эскадры подводных лодок Северного флота. Вскоре произошла и новая смена заместителей начальника училища: в начале 1993 года уволился в запас капитан 1 ранга В.Ф. Бурлев, а на его место был назначен с должности заместителя начальника училища по вооружению капитан 1 ранга Юрий Николаевич Коновалов. Вместо ушедшего в запас капитана 1 ранга Б.П. Жевлакова на должность заместителя начальника училища по учебной и научной работе был назначен капитан 1 ранга Евгений Иванович Истомин, до этого служивший заместителем начальника кафедры кораблевождения... 1995-1996 годах в училище начинают разрабатываться новые квалификационные требования к выпускникам училища и учебные планы нового поколения, коренным образом отличающиеся от ранее существовавших планов. В основу планов легли государственные образовательные стандарты, разработанные в Санкт-Петербургском государственном морском техническом университете по специальности 140900 «Автоматические системы управления морской техникой», в Государственной морской академии им. адмирала С.О. Макарова по специальности 240200 «Судовождение», в Московском государственном инженерно-физическом институте (техническом университете) по специальности 200600 «Электроника и автоматика физических установок». Возглавил работу по согласованию учебных планов училища с учебно-методическими объединениями этих ВУЗов заместитель начальника училища по учебной и научной работе капитан 1 ранга Е.И. Истомин...
Сидят: Я.Е.Минин, профессор Е.И.Истомин, капитан 1 ранга А.В.Давыдов, профессор Н.М.Груздев, доцент А.П.Зверев; стоят: Ю.В.Субботин, капитан 2 ранга В.Б.Шариков, капитан 1 ранга А.А.Завгородний, Э.А.Немирова, капитан 2 ранга С.П.Самончук, капитан 1 ранга А.Б.Анисифоров, капитан 2 ранга М.О.Килнас...
Особо следует отметить хорошую подготовку по кораблевождению курсантов ракетного и минно-торпедного факультетов училища. Это обеспечило им необходимые знания для исполнения обязанностей вахтенных офицеров, а в будущем – командиров подводных лодок. Обучением этих курсантов руководил капитан 1 ранга Е.И. Истомин. Прекрасное знание им специальности, огромная работоспособность и настойчивость в достижении поставленных целей проявились в твердых знаниях курсантов - выпускников училища. Сам Евгений Иванович подготовил и успешно защитил кандидатскую диссертацию, был удостоен ученого звания «доцент», а позже – «профессор» и «Почетный работник высшего профессионального образования РФ». В 1994 г. он был назначен заместителем начальника училища по учебной и научной работе. В этот период времени в учебный процесс активно внедрялись новые методические приемы и методы преподавания. Большинство практических занятий стали проводиться с использованием действующих в лаборатории приборов. Все задания курсантами выполнялись в многовариантной форме для обеспечения самостоятельности в работе. Из числа молодых, но быстро освоивших особенности педагогической деятельности преподавателей выделялись капитаны 2 ранга И.А. Бондарев, В. М. Голицын, Ю.В. Данилов, С.В. Козик, А.А. Николаев, В.Г. Сунагатов, В.П. Федоров, В.А. Фролов, И.В. Хамидулин. Адъюнкт кафедры, капитан-лейтенант В.Б. Соколовский подготовил и в начале 1983 г. успешно защитил кандидатскую диссертацию. По инициативе командования в 1988 г. на кафедре была открыта должность профессора. На нее был приглашен известный штурман-ученый, доктор военных наук, профессор капитан 1 ранга в отставке Н.М. Груздев – опытный педагог, заслуженный деятель науки Российской Федерации, действительный член нескольких академий, до увольнения в запас – начальник кафедры кораблевождения Высших специальных офицерских классов (ВСОК) ВМФ. По учебникам, разработанным Николаем Михайловичем единолично и в соавторстве таких, как «Навигация», «Морская навигация», «Математическая обработка и анализ навигационной информации», «Кораблевождение» и других (для командиров кораблей и вахтенных офицеров) обучаются курсанты и офицеры всех ВМИ и ВСОК в течение последних двадцати лет. Им создана научная школа, в которой под его научным руководством защитили кандидатские диссертации преподаватели кафедры: Н.М. Шкурин, Ю.С. Кудин, А.Б. Анисифоров, А.А. Завгородний, Е.И. Истомин, В.П. Федоров. За заслуги в научно-педагогической деятельности Н.М. Груздеву присвоено звание «Почетный профессор ВВМУПП». По количеству преподавателей, имеющих ученые звания и степени, кафедра Кораблевождения занимала одно из первых мест в училище. В этот период кафедрой издается целый ряд учебников и учебных пособий. Их авторы – профессоры Н.М. Груздев, Е.И. Истомин, доценты А.П. Зверев, Ю.В. Осипов, капитаны 1 ранга В.П. Федоров, А.Н. Сопрунов, Ю.С. Кудин. В 80–90-е годы коллектив кафедры пополнился флагманскими штурманами соединений подводных лодок капитанами 2 ранга И.А. Бондаревым, А.Б. Елуповым, В.П. Федоровым, Н.М. Шкуриным и А.В. Давыдовым, которые значительно активизировали практическую направленность подготовки штурманов. После увольнения в запас капитана 1 ранга Ю. В. Осипова, в 1991–1999 годы кафедрой руководил капитан 1 ранга А. Е. Васильев, в прошлом флагманский штурман эскадры подводных лодок в Полярном. В трудный период перестройки, благодаря его деятельности кафедра сохранила лучшие традиции, не снизила качество обучения, вела активную научную и учебную работу. Этому способствовало оборудование на кафедре лаборатории персональных компьютеров и кабинета автоматизированной индивидуальной прокладки. С 1999 по 2004 год кафедрой руководил флагманский штурман дивизии АПЛ СФ кандидат военных наук, доцент капитан 1 ранга В. П. Федоров, а его заместителем был капитан 1 ранга И. В. Хамидулин. Под его руководством прошло становление молодых педагогов: капитана 2 ранга Килнаса М.О. и капитана 2 ранга Самончука С.П. На кафедре сложился работоспособный коллектив преподавателей-единомышленников, объединяющий ученых и опытных практиков. С 1989 года на кафедре регулярно проводятся межвузовские семинары по актуальным вопросам кораблевождения и подготовки штурманских офицерских кадров под руководством профессора Н.М. Груздева. Для повышения качества учебного процесса на кафедре постоянно совершенствуется лабораторная база. Создан ряд действующих тренажеров, лабораторий и кабинетов навигационной прокладки, астронавигационных наблюдений. Создана солидная электронная база данных по учебным дисциплинам кафедры. Следует отметить большой вклад личного состава лаборатории кафедры в дело обеспечения учебных занятий. Заслуга в этом принадлежит начальникам лабораторий офицерам, которыми в разное время были – Е.И. Истомин, А.П. Медведев, Н.С. Морозов, В.П. Егоров, и мичманам – А.В. Жданову, В.А. Гладышеву, И.А. Трошеву, Я.Е. Минину и С.А. Николаеву. В настоящее время на кафедре «Кораблевождение подводных лодок» института (так она называется с 1 ноября 1998 г.) трудятся: заслуженный деятель науки РФ, доктор военных наук профессор капитан 1 ранга в отставке Н.М. Груздев; кандидат педагогических наук профессор капитан 1 ранга в запасе Е.И. Истомин; кандидаты наук доценты капитаны 1 ранга в запасе В.П. Федоров и С.В. Козик и капитан 1 ранга А.А. Завгородний; капитан 1 ранга кандидат технических наук А.Б. Анисифоров; доцент А.П. Зверев; капитаны 2 ранга В.Б. Шариков, М.О. Килнас и С.П. Самончук.
15-й (1956-1963, 59 чел., 1 зол., 7 сер.) В этом потоке был произведен дополнительный прием в 1959 году. В выпуске А.С. Богатырев контр-адмирал – начальник факультета на 6-х ВОК ВМФ и контр- адмирал Н.В. Глыб – нач. отдела ГОУ Генштаба. Е.И. Истомин – зам. начальника ВМУПП по учебно-научной работе, член-корреспондент отраслевой академии. В.П. Кузин определял перспективы развития боевых кораблей в 1-м ЦНИИ МО. С.С. Самсонов и Б.В. Кобылинский преподавали в ВМА, последний вместе с нахимовцем 6-го выпуска В.В. Щипцовым написали учебник для слушателей ВМА «Теория проектирования подводных лодок». Г.М. Рогачев - зав. сектором хранения техники и моделей Военно-морского музея. Б.Е. Шереметьев - сотрудник журнала «Пограничник», лауреат премии им Горького. Г.И. Павлов - бывший подводник (РПК СН «К-426») а ныне генеральный директор издательского дома «Справочники Петербурга», еще один издатель В.С. Комаров после преподавания математики в ЛГУ и Пенсильванском университете США издает печатные материалы для туристов.
В Морском корпусе Петра Великого – Санкт-Петербургском военно-морском институте большую роль играет кафедра кораблевождения подводных лодок. С 2004 года ее возглавляет капитан 1 ранга Алексей Давыдов. Он выпускник Высшего военно-морского училища подводного плавания имени Ленинского комсомола 1987 года и Военно-морской академии имени Н.Г. Кузнецова 1998-го. За плечами многие годы службы на субмаринах, несколько лет в общей сложности провел вдали от родных берегов в походах. Алексей Викторович – уже седьмой по счету начальник кафедры, история которой ведется с далекого 1948 года. Сегодня здесь трудятся 12 человек. Среди наиболее опытных преподавателей – профессор, доктор военных наук капитан 1 ранга в отставке Николай Груздев и кандидат педагогических наук, капитан 1 ранга запаса Евгений Истомин. На кафедре преподаются семь учебных дисциплин. В числе основных: «Навигация и лоция», «Мореходная астрономия», «Кораблевождение при ведении боевых действий». Будущие офицеры принимают активное участие в военно-научной работе. Наилучших результатов за последнее время добились курсанты Олег Булатов, Михаил Кошман, Петр Никитин, Егор Этмекчан. В составе кафедры по две астронавигационных и лекционных, а также четыре тренажерных аудитории. К сожалению, как отмечает капитан 1 ранга Алексей Давыдов, вот уже несколько лет не поступает новая тренажерная техника, а в здании, где располагается кафедра, четверть века не было должного ремонта. И все же, несмотря на трудности, здесь делают максимум возможного для подготовки специалистов для подводного флота России.